Для учета всех страниц одного сайта Вы должны установить одинаковый код счетчика, выданный для этого сайта, на эти страницы. Т.е. регистрировать отдельно каждую страницу не нужно.

Также не нужно регистрировать 2 сайта, если один является поддоменом другого, но оба имеют одинаковое содержимое. Например: http://www.domain.ru и http://domain.ru отличаются лишь приставкой www. Достаточно зарегистрировать только один, например, http://www.domain.ru.